با توجه به اینکه شیعیان افغانستان اعتقاد و اطمینان کامل به اخلاص، صداقت، تقوا، تعهد، فضل وعلم حضرت آیت الله العظمی محقق کابلی(مدظله العالی) داشتند. بطور جدی از معظم له تقاضا نمودند، که در شرایط فعلی افغانستان و به خاطر ضرورت های شرعی و ملی که ایجاب می کند و به دلیل جامع الشرایط بودن ایشان، رسالت سنگین و مسئولیت عظیم مرجعیت شیعیان افغانستان را بپذیرند.  در برابر دشمنان و عاملان طرح نابودی و حذف شیعیان افغانستان، از عرصه های سیاسی، اجتماعی ، جامعه تشیع را یاری دهند با توجه به این تقاضای سراسری و جدی شیعیان افغانستان به ویژه روحانیت، مدرسین و طلاب، معظم له نیز احساس تکلیف و وظیفه ای شرعی نموده در تاریخ 23/6/1373 هجری شمسی،  این رسالت سنگین الهی را پذیرفتند.

حضرت آیت الله العظمی محقق کابلی(مدظله العالی) بعد از پذیرش مسؤلیت عظیم مرجعیت، درس «خارج فقه» را در حوزه علمیه قم، از اول کتاب خمس(عروة الوثقی) در حسینیه نجفیها شروع نمودند. که با استقبال گرم علماء، فضلاء، مدرسین و طلاب جوان مواجه گردید. از آنجای که معظم له در رشته های مختلف علمی چون: ادبیات عرب، اصول، فقه، رجال، کلام تسلط کافی و ید طولانی دارد لذا در تدریس نخست نظرات و دید گاه های دیگران را با دقت و قدرت علمی بررسی و تحلیل نموده سپس دید گاه خودش را بیان می فرماید. معظم له بعد از پذیرش مرجعیت بدون وقفه(غیر از ایام تعطیل حوزه) مشغول تدریس فقه می باشد و تا کنون کتاب های خمس، اجتهاد و تقلید، و کتاب طهارت ....را تدریس نموده و بنا به اقتضاء شرایط افغانستان وضرورت قضای «کتاب قضاء» را نیز تدریس نموده است.

واقعا وجود معظم له تحول بزرگی را در جامعه ی شیعه ی افغانستان به وجود آورده ، برای علماء روح امید و برای جوانان شور و نشاط و برای ملت آگاهی به مسائل شرعی به ارمغان آوردند.

بعد از مرجعیت ایشان هزاران استفتاء از مهاجرین افغانستانی مقیم جمهوری اسلامی ایران ، پاکستان، کشور های عربی، اروپای، شرق آسیا و ...  همچنین از داخل افغانستان صورت گرفته وتو سط واحد پاسخ به سؤالات دفتر ایشان با نظارت مسقیم مظعم له پاسخ داده شده و از این طریق بسیاری از ابهامات و مسائل شرعی حل گردید و مؤمنین به وظایف شرعیه شان آگاه شدند.

ادام الله افاضاته و ظله علی رؤوس المسلین